大棚蔬菜地由于復種指數高、長期連作種植、不按作物需肥規律科學施肥、超量施肥和單一施肥。致使土壤中微生物群體發生變化、病殘體逐年積累、病蟲害加重、土壤結構破壞、肥力衰退、土壤養分失衡、生理缺素、土壤酸化、鹽化等現象。因此，大棚菜地如何防控連作障礙尤為重要。
1、合理輪作
一是旱地輪作：同種蔬菜忌連作，同類蔬菜忌連作。輪作可使病菌失去寄主或改變生活環境，可以防治或減輕病蟲害。二是水旱輪作或淹水排鹽：有條件的可水旱輪作，水旱輪作由于土壤長期淹水，既可有效控制病、蟲、草害，還可以水洗酸，以水洗鹽，以水調節微生物群落。沒條件水旱輪作的可以淹水浸泡6-8天，在采收后利用雨季溝渠有水條件放水浸泡同樣也有較好的效果。
2、增施有機肥
增施有機肥可以改善土壤結構，增強保肥、保水、供肥、透氣、調溫功能，增加有機質、氮、磷、鉀及微量元素含量，提高土壤肥力效能和蓄肥性能減少化肥流失，增強土壤對酸堿的緩沖能力，提高難溶性磷酸鹽和微量元素的有效性，還可消除農藥殘毒和重金屬污染，促進作物光合作用，提高蔬菜品質。（農家肥一定要經過充分密封堆積，待其腐熟后再用）。
3、平衡施肥
化肥施用不合理，尤其是氮肥施用過多，是連作蔬菜大棚土壤障礙的主導因素。因此平衡施肥是大棚蔬菜生產、高產、優質、高效的關鍵措施。因此在增施有機肥的基礎上要合理施用氮、磷、鉀。應根據測土配方、作物需肥規律和土壤供肥能力相結合，確定施肥種類及數量。
4、調節土壤pH值
大棚蔬菜連作引起土壤酸化是一種普遍現象，主要是有機肥施用減少，化學氮肥、普鈣用量增加，導致土壤酸化嚴重，影響作物正常生長和導致作物品質下降。每年應對棚內土壤作一次pH值檢測，當pH≤5.5時，翻地時每畝可施用石灰50-100公斤，與土壤充分混勻，這樣不但可提高pH值，還對土壤病菌有殺滅作用。
5、應用生物技術
一是秸稈生物反應堆技術，秸稈在微生物菌種凈化劑等作用下，定向轉化成植物生長所需的二氧化碳，熱量抗病孢子、酶、有機和無機養料，增加有益微生物群體。二是使用重茬劑。可促進有益微生物大量繁殖，抑制有害病菌生長，調節營養失衡，提高作物根系活力，增強抗性，有效沖銷連作障礙，減輕重茬病害，提高產量。
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